2009年北海市累计完成水路客运量75.3万人，比上一年增长23.39%；旅客周转量完成6082万人公里，同比增长21.76%；水路货运量完成594.1万吨，同比增长11.25%；货物周转量完成66.22亿吨公里，比2008年增长28.83%，客货运输量创历史新高。
据北海日报报道，2009年，受全球金融危机影响,该市在一季度水路货运量及货物周转量整体同比下滑11.13%和24.42%的严峻形势下，抓住《广西北部湾经济区发展规划》实施这一千载难逢的发展机遇，保持了北海水运经济的良性发展态势。
同时，北部湾经济圈周边城市经济建设迅猛发展，适合北海水运市场的煤炭、建筑材料等几大货物的社会需求保持快速增长，水路货运量自4月份开始企稳回升并逆势上扬。其中第4季度创造了历史之最，共完成水路货运量185.7万吨、货物周转量21.92亿吨公里，同比分别增长61.48%和118.49%。
此外，北海市水运企业拓宽经营模式，将运输和旅游结合在一起，海上旅客运输亦呈现出良好的发展势头。